Patrones de variación en la riqueza de las especies a lo largo de la región
La fauna de peces del POT incluye cerca de 1,200 especies conocidas. Como una medida de la superposición de los ámbitos de las diferentes especies, las secciones de costa con el mayor número de especies (700-740), se localizan a lo largo de Costa Rica y Panamá. La riqueza de especies por sección de costa decae lentamente hacia el norte y hacia el sur de estos dos países - la costa sur del Ecuador y la punta sur de la boca del Golfo de Baja California tiene todavía 600-630 especies. La punta de Baja California y el suroeste del Golfo de California (485 especies) y el Sur de Baja tienen aproximadamente 585 especies. Incluso en sitios cerca de los límites de la región (norte del Perú, la parte central del Golfo de California y la parte sur de Baja), están incluidas en el ámbito de 450 especies.
Observando con mayor detalle el patrón de variación en la riqueza de especies encontramos que el patrón general descrito arriba, con la mayor riqueza en el área de Costa Rica/Panamá también se observa en familias con muchas especies (Ej. los muraenidos, engraulidos, clupeidos, ariidos, batrachoididos, atherinidos, sciaenidos, blenniidos, gobiidos y los tetraodóntidos). Otras familias siguen el mismo patrón general pero la zona más rica se extiende más ampliamente hacia el norte (hasta la parte central de Méjico) y/o el sur (a Ecuador), de la sección de Costa Rica/Panamá; estas incluyen los urolophiidos, dasyatidos, ophichthidos, scorpaenidos, lutjanidos, haemulidos, dactyloscopidos y los cynoglossidos. En unas pocas familias (carcharinidos, serranidos, carangidos y scombridos), la riqueza esta dispersa uniformemente a lo largo de las tres provincias principales, sin ninguna concentración obvia. Otras familias tienen distribuciones idiosincráticas más obvias: los pomacéntridos tienen una riqueza ligeramente superior alrededor de la boca del Golfo de California y en las islas oceánicas (excepto Clipperton); en los tripterygiidos y labrisomidos la riqueza es superior en la parte norte de la región, alrededor del Golfo de California. Los chaenopsidos y gobiesocidos tienen dos centros de riqueza - el Golfo de California y de Nicaragua a Panamá. Se debe tener cuidado en interpretar este vistazo numérico debido a que algunos centros de riqueza aparente en la punta de Baja reflejan la presencia de especies vagabundas pertenecientes a la Provincia de California en el límite norte del POT.
Los patrones de riqueza regional entre las especies con diferentes atributos biológicos generalmente siguen el patrón general (la mayor riqueza en Costa Rica/Panamá), descrito arriba. Esto sucede para algunas especies residentes en el POT (no es sorpresa que las especies vagabundas se concentren en los límites de la región), aquellas que viven en los fondos arenosos y los fondos fangosos, o en la columna de agua; especies demersales o de fondo en general; especies que viven cerca de la costa y aquellos que viven alejados de la costa; especies carnívoras y planctívoras y las especies no marinas. Otros grupos muestran patrones algo diferentes: las especies que viven en los arrecifes y las especies marinas muestran un gran pico de riqueza entre Méjico central y Colombia; las especies omnívoras tienen dos picos (Costa Rica/Panamá y las Galápagos). El patrón más atípico es mostrado por las especies transpacíficas: mientras que hay un pico de riqueza en Costa Rica y la parte oeste de Panamá (cerca de 146 especies), el mismo número se observa en Galápagos y un número ligeramente inferior en las otras islas oceánicas (123 en las Revillagigedos, 109 en Clipperton, 125 en Coco y 110 en Malpelo). En términos del porcentaje de la fauna representada por aquellas especies transpacíficas hay muchos más componentes principales en las faunas insulares que en las continentales: mientras que ellas representan el 18.6% de la fauna de Costa Rica/Panamá, su porcentaje de representación en la fauna de islas oceánicas es del 68% para Clipperton, 49% para las Revillagigedos, 41.7% para Coco, 38.2% para Malpelo y 33.9% para las Galápagos.
El patrón general del cambio latitudinal en la riqueza de especies descritas aquí para la fauna de peces del POT (su riqueza decrece con el incremento en la latitud), es un fenómeno general para animales y plantas en ambientes marinos y terrestres. Para organismos marinos costeros ese patrón ha sido atribuido a la variación latitudinal en la provisión de energía, que esta reflejado en la temperatura superficial del mar y los niveles de nutrientes debido a la descarga de los ríos y a los afloramientos (ver Macpherson 2002 para una discusión reciente). En el presente caso es necesario considerar la extensión a la cual el patrón regional descrito aquí es influenciado por las diferencias en los esfuerzos de muestreo en varias partes del POT. Mientras que todos los países han sido muestreados, ha habido una concentración del esfuerzo en dos áreas - el Golfo de California y de Costa Rica a Panamá. Aunque la coincidencia en estas áreas de un incremento en el muestreo y en la riqueza de especies, no pareciera que el muestreo es el principal factor involucrado. Esas dos áreas también poseen características que le permiten mantener faunas más ricas, como lo son la diversidad de condiciones ambientales, incluyendo: grupos grandes de islas cercanas a la costa, que ofrecen un rango de condiciones de turbidez; grandes bahías medio-encerradas; grandes sistemas de estuarios de alto flujo de agua dulce; así como también costas rocosas y de fondos blandos que proporcionan un área substancial; además de áreas con regímenes variables de temperaturas y productividad (ej. Panamá y Costa Rica ambos tienen áreas con y sin grandes sistemas de afloramiento estacional). El área de Costa Rica a Panamá, con el nivel de riqueza de especies más alto en el POT, también es la región con la superficie del mar con temperaturas más altas y los más altos niveles de nutrientes provenientes de la descarga de los ríos y de los afloramientos.