- Chiloscyphus japonicus, Lophocolea compacta;Lophocolea japonica
- Cladonia crispata, Cladonia japonica
- Drepanolejeunea erecta, Drepanolejeunea japonica;Drepanolejeunea monophthalma;Leptolejeunea erecta;Ophthalmolejeunea erecta;Strepsilejeunea denticulata;Strepsilejeunea monophthalma
- Frullania davurica, Frullania jackii subsp japonica;Frullania japonica;Frullania jishibae;Frullania microta Mass;Frullania rotundistipula
- Heterodermia japonica, Anaptychia obscurata auct brit;Heterodermia obscurata auct brit;Heterodermia propagulifera;Anaptychia dendritica var japonica;Anaptychia dendritica var propagulifera;Anaptychia hypoleuca var sorediifera;Anaptychia japonica;Anaptychia japonica var japonica;Anaptychia japonica var reagens;Anaptychia propagulifera;Anaptychia speciosa f sorediifera;Anaptychia subheterochroa var propagulifera;Heterodermia dendritica var propagulifera;Physcia speciosa f sorediifera;Pseudophyscia speciosa var hypoleuca
- Jubula japonica, Jubula hutchinsiae subsp japonica;Jubula jaoii
- Kadsura japonica, Kadsura matsudai;Uvaria japonica
- Melloplana japonica, Notoplana japonica
- Metzgeria lindbergii, Metzgeria pectinata Steph;Metzgeria assamica;Metzgeria conjugata subsp japonica;Metzgeria conjugata var japonica;Metzgeria conjugata var minor;Metzgeria fukuokana;Metzgeria himalayensis;Metzgeria japonica;Metzgeria minor;Metzgeria minuta;Metzgeria pectinata
- Nanozostera japonica, Dwarf eelgrass;Zostera japonica
- Plagiochila sciophila, Plagiochila acanthophylla subsp japonica;Plagiochila acanthophylla var plurilaciniata;Plagiochila acanthophylla;Plagiochila cadens;Plagiochila ciliata;Plagiochila decidua;Plagiochila euryphyllon;Plagiochila ferriena;Plagiochila flavovirens;Plagiochila iriomotoejimaensis;Plagiochila japonica fo oblongifolia;Plagiochila japonica;Plagiochila minima;Plagiochila minutistipula;Plagiochila orientalis;Plagiochila quadriseta;Plagiochila sockawana;Plagiochila subacanthophylla;Plagiochila subplanata;Plagiochila tonkinensis;Plagiochila trocantha;Plagiochila trochantha;Plagiochila vygensis
- Polygonum cuspidatum, Japanese Knotweed;Fallopia japonica var compacta (Hook f) JP Bailey;Fallopia japonica var japonica (Houtt) Ronse Decr;Polygonum compactum Hook f;Fallopia japonica;Reynoutria japonica Houtt;Reynoutria japonica var compacta (Hook f) Moldenke;Japanese knotweed;Fleeceflower;Reynoutria japonica
- Porella japonica, Madotheca japonica;Madotheca pallida;Madotheca pusilla;Porella japonica fo pusilla;Porella pallida
- Sauteria japonica, Sauchia japonica
- Sculptolumina japonica, Buellia japonica
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